27611 - Introduktion til Bioinformatik Rasmus Wernersson, adjunkt Center for Biologisk Sevkensanalyse raz@cbs.dtu.dk
Dagens program Nu Om lidt: 14:00 -> Test af forhåndskundskaber ”Peptalk” af Søren Brunak. 14:00 -> Praktisk introduktion til kurset Dagens forelæsning + øvelser
Læringsmål / Learning Objectives Læringsmål for kurset Basal forståelse af biologiske data DNA Protein Mikro-arrays Kendskab til det vigtigste bioinformatiske metoder Alignment Database søgninger Analyse af sekvensdata
Oversigt over kursusforløbet: Basisdel Basal bioinformatik og case-stories De 6 første uger: Det biologisk informations begreb. Sekventering (“hvor kommer data fra?”). Case-story: Om bioinformatik, Søren Brunak Arbejde med DNA sekvenser Case-story: Gen-finding, Nikolaj Blom Arbejde med peptid sekvenser Case-story: Forudsigelser ud fra protein sekvens. Alignments. Genomics Case-story: Microbial genomics Case-story: Immunologisk bioinformatik. Transcriptomics og DNA mikro-arrays. Case-story: Kræft og DNA mikro-arrays. Husk at vise kursusprogrammet på hjemmesiden.
Kursusprogram - CBS’s hjemmeside Kursusprogrammet findes på CBS’s hjemmeside. Opdateres løbende. Udleveret materiale vil også blive lagt frem til download her. *) Ikke på CampusNet.
Pensum Lærebog: Mount, 2004 Udleverede noter, artikler mm. Den projekt-specifikke del af forløbet, vil bruge forskellige dele af bogen.
Oversigt over kursusforløbet: projektforløb Der kan vælges projekt inden for følgende områder: DNA mikro-arrays Gen ekspression. Immunologisk bioinformatik Forudsigelse af epitoper. Microbial genomics DNA atlas. Prediction Neurale netværk. Intron/exon struktur. Protein modifikationer. Projektgrupper på 4 personer.
Deltagelse evalueres på baggrund af projektrapporten. Eksamen Deltagelse evalueres på baggrund af projektrapporten. Husk: De enkelte gruppemedlemmers bidrag skal angives. Ingen afskrift af anden tekst uden tydeligt kildehenvisning.
Praktiske oplysninger Hvor: Aud. 51 tirsdag 13-17 13-15: Lærebogsmateriale 15-17: Case-story Træftid (”office hours”) Rasmus: Torsdag 13-15, (kontor 016/208). I projektperioden vil det bliver undervist i en række parallelle forløb.