1 DanBIF Danish Biodiversity Information Facility Seminar om DanBIF og Amterne – Ny mulighed for samlet adgang til naturdata i Danmark Zoologisk Museum, København 8. november 2004 Isabel Calabuig - DanBIF Projektleder

2 DanBIF Danish Biodiversity Information Facility Dansk knudepunkt i GBIF netværket per. 1. Juli 2001 Finansiering: Hidtidig kontrakt mellem det Naturvidenskabelige Fakultet, Københavns Universitet og Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd (SNF) Vært: Zoologisk Museum, Københavns Universitet

3 DanBIF Organisation Bestyrelse Sekretariat Netværk af grund- og sektorforskningsinstitutioner Kreds af yderligere dataholdere

4 DanBIF Mål & Aktiviteter inkluderer bl.a.: Opfylde GBIF medlemskrav, f.eks. –Deltage aktivt i GBIF bestyrelse og komité for netværket af knudepunkter –Opbygge, køre og vedligeholde et IT system og et sekretariat for at opfylde kravene & anbefalinger (samarbejde i relevante internationale (EU) projekter) –Gøre danske biologiske datasæt og oplysninger om dem tilgængelige for søgning via GBIF portal Opbygge og organisere aktiviteter for et netværk af danske forskningsinstitutioner og andre dataleverandører –Skabe forum for mulig skabelse af nye tværgående forskningssamarbejder Blive Dansk videncenter og Internet gateway til information om biodiversitet

5 DanBIF Aktiviteter Databaseret katalog for oversigt over naturhistoriske samlinger og andre typer af samlinger / datasæt fra forskning, forvaltning, industri, amatørbiologer etc. –hvad enten de findes på digital form eller ej –Online spørgeskema om naturhistoriske samlinger - Collections Metadata Inventory – som også publiceres og gøres søgbart IT-Rådgivning/formidling: –digitalisering af naturhistoriske samlinger og andre naturdata –database design og web-implementering Identifikation og klargøring af biologiske databaser for søgning (eller link) via DanBIF/GBIF portalerne Dansk Web-portal med samlet adgang til al informationen -

6

7

8

9

10 Hvorfor har DanBIF indbudt Amterne til Seminar? Naturovervågningsdata fra amter, DMU m.fl. relevant i DanBIF-sammenhæng: –Større brugerflade - inkl. amter, kommuner, interesseorganisationer (& lodsejere, m.fl.)  –Amterne lettere adgang til hinandens data og mange andre datakilder!  –Lettere indrapportering af data til DMU  –Lettere indrapportering fra DMU til Skov- og Naturstyrelsen  –Lettere indrapportering fra S&N til EU –BEDRE BREDT FUNDERET VIDENSBASIS FOR VIDTGÅENDE BESLUTNINGER OM BESKYTTELSE AF TRUEDE ARTER –Bevarelse af, og bred adgang til, data, viden og kompetencer –Link til andre datatyper, e.g. miljø, klima, habitatdata

11 GBIF henter følgende data via DanBIF Primary biodiversity data: –Eksemplarer –Observationer –Navne •Arter •Litteratur Metadata om ovenstående

12 GBIF søgeportal PROTOTYPE - http// DATAGRUNDLAG, BRUGERFLADE, FUNKTIONALITET øges & udbygges, inkluderer for nuværende bl.a.: –Data om Danmark fra globale leverandører –Data fra Danmark om arter globalt –Artslister for et land – Globalt ECAT – Synonymer –Udbredelse –HVEM har oplysningerne/eksemplarerne? Senere kommer: –Species Bank –Link til andre datatyper – økologi, abiotiske faktorer, genetik, litteratur, etc. etc.

13 GBIF Portalen Første eksempel på Rødlistearter fra Botanisk Musem, KU til Pilledrager, Pilularia globulifera. Foto: B. Øllgaard.

14 Bemærk landevalg og andre valgmuligheder

15 Søgeresultat fra MANGE leverandører!

16 Stationære versus Dynamiske Kort!

17

18

19

20

21

22 PROTOTYPE men unik ny mulighed, så HUSK: Vi trækker data fra hele verden! Vi trækker fra mange forskellige data formater! Forskelle i skalering! Kortgrundlag er for nuværende meget basalt –samme format for hele verden = laveste fællesnævner, men senere direkte link

23 Dataudveksling inden for GBIF IT-Arkitekturen Portal Data provider Provider Services Provider query Request Manager Query Engine Available providers UDDI Registry Institutions Services (Providers) AccessPoints Resource Metadata Resource Metadata Index Metadata and name query Metadata response Data query Data response Metadata and logs Name provider Provider Services Resource Metadata Resource Metadata Synonyms, GUIDs Publish availability Cache Metadata Accounting SOAP DiGIR HTTP

24 DanBIF værktøjet Hvad kræves for at gøre data søgbare online? Kobling (mapping) af datasæts felter/kolonner med Darwin Core 2 skema standarden –Minimum: artsnavn men også gerne indsamler, indsamlingsår, -sted osv. (47 felter) Rensning og evt. Konvertering af data til Darwin Core format (årstal 19?; 199?; formatering af georeference) Eksport af datasæt til tekstfilformat Oprettelse af struktur v. angivelse af standard oplysninger OM datasættet på DanBIF provider serveren –Foregår decentralt via Internettet –Inkl. standardoplysninger om dataleverandøren - Hvorfra kommer datasættet? Uploading af datasættet i tekstfilformat til DanBIF provider serveren under den struktur oprettet i forrige punkt Frigivelse af datasættet til offentliggørelse, f.eks. global søgning via GBIF portalen DanBIF vil bistå under hele forløbet!

25 Data Exchange Format: Darwin Core2 –XML skema for data udveksling, e.g. ved forespørgsler fra bruger –Passende for samlinger og observationsdata –48 koncepter (data elementer): DateLastModified *InstitutionCode *CollectionCode *CatalogNumber * ScientificName *BasisOfRecordKingdomPhylum ClassOrderFamilyGenus SpeciesSubspeciesScientificNameAuthorIdentifiedBy YearIdentifiedMonthIdentifiedDayIdentifiedTypeStatus CollectorNumberFieldNumberCollectorYearCollected MonthCollectedDayCollectedJulianDayTimeOfDay ContinentOceanCountryStateProvinceCounty LocalityLongitudeLatitudeCoordinatePrecision BoundingBoxMinimumElevationMaximumElevationMinimumDepth MaximumDepthSexPreparationTypeIndividualCount PreviousCatalogNumberRelationshipTypeRelatedCatalogItemNotes * = required element

26 Fremtiden Data vil blive sikkert forvaltet, katalogiseret og vedligeholdt på DanBIF serveren Udover GBIF, vil data fra DanBIF serveren kunne gøres søgbare på DanBIF portalen og/eller andre, e.g. miljøportalen

27 Fremtiden Data bliver beriget ved rensning, intelligent indeksering, og sammenstilling med andre typer data På sigt vil kunne udvikles software der muliggør udnyttelse af datagrundlaget i mange andre sammenhænge: –så man f.eks. kun arbejder med danske data fra amter, f.eks. via miljøportalen

28 Eksempler på Internetportaler Fishbase - Freshwater Life - EEA - NBN, UK, GBIF knudepunkt - Artportalen, Sverige -

29 DanBIF – Tak for opmærksomheden SPØRGSMÅL?