Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Blendede avlsværdital hos køer Jørn Pedersen Ulrik S. Nielsen, Gert P. Aamand, Anders Fogh, Guosheng SU(AU), Esa M ӓ ntysaari(MTT)

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Navne •EBV: ”Almindelige avlsværdier” •DRP: Genberegnet fænotype - (ud fra EBV og sikkerhed) •DGV: Avlsværdi beregnet ud fra genomisk test resultater Genomisk testresultater = ca SNP-resultater •GEBV: Blended avlsværdier = kombination af DGV og DRP

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Nyheder og ændringer August 2012 GEBV for køer: •Oplysning om køernes EBV/DRP indgår Omtales ikke •Ændret definition af fantomforældre •Ændret beregning af DRP •GEBV for klovsundhed

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Blendede avlsværdital hos køer Oversigt •Introduktion til blending–proceduren •Resultater: Korrelationer og ændringer •EBV maj12 – GEBV aug12 •GEBV aug12 – GEBV sep12 •2 eksempler

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Blending proceduren Data •SNP-resultater (ca ): Alle testede dyr •EBV: Officielle avlsværdier + sikkerhed Blending indtil august 2012 •DRP: Beregnes for reference tyre ud fra EBV og sikkerhed. •DGV beregnes (en samlet procedure: GBLUP): o SNP-effekter beregnes ud fra SNP-resultater og DRP (reference tyre) o DGV beregnes derefter for alle testede •GEBV: Blendede avlsværdital beregnes ud fra: o DGV og DRP: Reference tyre o DGV og afstamn. (DRP FAR, DRP MF ) : Kandidattyre, kvier, køer

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Blending proceduren Data •SNP-resultater (ca ): Alle testede dyr •EBV: Officielle avlsværdier + sikkerhed Blending: August 2012 og fremover Uændret •DRP: Beregnes for reference tyre ud fra EBV og sikkerhed. •DGV beregnes (en samlet procedure: GBLUP): o SNP-effekter beregnes ud fra SNP-resultater og DRP (reference tyre) o DGV beregnes derefter for alle testede •DRP: Beregnes for reference tyre + køer ud fra EBV og sikkerhed •GEBV: Blendede avlsværdital beregnes ud fra: o DGV og DRP: Reference tyre, køer o DGV og afstamning (DRP FAR, DRP MF ) : Kandidattyre, kvier

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Data: EBV Kun reference tyre Deregression EBV → DRP GBLUP: beregner DGV Ref. Tyre: DRP + SNP-resultater → SNP-effekter SNP-effekter +SNP-resultater → DGV (alle) BLENDING: GEBV beregnes DRP og DGV DRP-sikkerhed og DGV-sikkerhed Data: G-testresultater (SNP) Tyre og køer Deregression EBV→ DRP

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Resultater - generelt •GEBV baseret på DGV og DRP •Tyre i referencegruppen: GEBV ≈ EBV (≈ DGV) •Køer: GEBV – mellem DGV og EBV •GEBV baseret på DGV (og afstamningsværdi): •GEBV ≈ DGV (kandidattyre og kvier)

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Andre detaljer vedr. blending Sikkerhed: DGV- og DRP-informationen vægtes sammen på grundlag af deres sikkerhed •DGV-sikkerhed: Validerings-sikkerhed for DGV anvendes. Den er ens for alle dyr pr. egenskab •Referencetyre: DRP(EBV) informationen anvendes 2 gange. Sikkerheden på DRP bliver nedjusteret DGV variation: DGV variation for dyr, som ikke er i referencegruppen – er for stor – Variationen bliver nedjusteret

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Hvilke egenskaber har DRP hos køer EBV-baseret på egen-præstation •Ydelse (Mælk, Protein, Fedt) •Mastitis •Krop •Malkeorganer •Lemmer •Malketid •Temperament

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Tabeller med resultater •Antal køer •Maj EBV – Aug. GEBV o Korrelationer og gennemsnitlige ændringer o Fordeling af ændringer •Aug. GEBV – Sep. GEBV o Korrelationer og gennemsnitlige ændringer o Fordeling af ændringer •Eksempler

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Hundyr testetTestede med EBV/DRP NAV HOLRDCJERHOLRDCJER Alle %30.5%59.0% Fødselsår <= Ukendt810000

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Hundyr testetTestede med EBV/DRP DNK HOLRDCJERHOLRDCJER Alle %34.3%59.3% Fødselsår <= Ukendt100000

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Aug GEBV og Maj EBV Køer med DRP - født YdelseMast.Krop Malke- org.LemmerM. tidTemp. Korrelationer HOL RDC JER Gennemsnitlig forskel HOL RDC JER

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Fordeling af ændringer: Aug12 GEBV ÷ Maj 12 EBV DNK HOL køer med DRP - født Indeks ændringYdelseMast.Krop Malke- org. Lem- merM. tidTemp. <= %1.6%4.2%6.2%2.8%11.1%3.2% -8 to %3.3%4.9%5.2%3.5%6.6%3.4% -6 to %6.9%7.6% 4.7%8.1%6.1% -4 to %10.6%10.3%10.5%6.5%9.1%8.1% -2 to %16.2%17.5%12.5%10.3%10.8%14.4% -1 to 124.7%22.4%23.9%19.6%17.9%15.0%20.3% 2 to %15.1%12.3%12.8%14.6%10.9%14.9% 4 to 5 7.6%10.8%9.4%9.3%10.9%9.1%10.9% 6 to 7 4.0%7.2%5.5%6.9%11.6%8.3%10.4% 8 to 9 2.0%3.5%2.8%3.7%6.3%4.7%4.1% >= %2.4%1.6%5.7%10.8%6.2%4.1% Antal

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Fordeling af ændringer: Aug12 GEBV ÷ Maj 12 EBV DNK RDC køer med DRP - født Indeks ændringYdelseMast.Krop Malke- org. Lem- merM. tidTemp. <= %2.9%0.7%2.9%4.3% -8 to %0.7%4.4%2.2%4.3%2.9% -6 to %7.5%0.7%5.1%10.3% 5.9% -4 to %10.6%9.6%13.2%7.4%13.7%14.7% -2 to %15.0%28.7%21.3%16.9%15.4%19.9% -1 to 123.8%40.6%33.1%33.8%22.8%16.2%35.3% 2 to 3 8.8%15.0%14.7%17.6%10.3%18.8%10.3% 4 to 5 2.5%6.9%7.4%2.9%15.4%10.3%7.4% 6 to 7 2.5%3.1%0.7% 4.4%6.0%1.5% 8 to 9 0.7% 2.9%0.9%0.7% >= % 4.4% 1.5% Antal

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Fordeling af ændringer: Aug12 GEBV ÷ Maj 12 EBV DNK JER køer med DRP - født Indeks ændringYdelseMast.Krop Malke- org. Lem- merM. tidTemp. <= %1.6%0.4% -8 to %2.9%3.1%1.9%1.2%2.0%1.3% -6 to %4.2%7.8%3.9%4.7%3.4% -4 to %12.0%14.0%12.5% 12.7%8.1% -2 to %19.2%16.7%23.3%18.7%15.7%10.3% -1 to 143.8%36.4%29.2%37.0%33.9%31.9%36.3% 2 to %15.3%15.2%14.4% 17.6%19.7% 4 to 5 4.2%6.8%7.4%5.4%8.6%9.8%12.8% 6 to 7 1.9%2.6%4.3%1.2%3.9%4.4%5.1% 8 to 9 0.3%0.8% 1.6%2.9%3.0% >= % 0.4% 0.5% Antal

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Fra Maj EBV til Aug. GEBV Forventet størrelsesorden af ændringer På grund af: •Blending af DGV og EBV/DRP •DGV sikkerhed ≈ EBV-sikkerhed Desuden: •Nye data

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Opsummering GEBV erstatter EBV hos køer m. G-test •10 egenskaber •GEBV – EBV er negativ: Især ydelse, 1 – 2 indeksenheder •Korrelation GEBV-EBV: o Højest for JER – Lavest for HOL o Højest for ydelse •Forventede, store ændringer vil forekomme: % ændrer sig mere een indeksenhed.

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Aug. GEBV – Sep. GEBV •EBV – opdateret med IB-resultater (Euro-genomics - Geno) •Rettelser (af f.eks. forbytninger) o HOL: Få køer med mindre effekt o RDM: 2 køer med stor effekt •GEBV: o Ændringerne er små o Størst hos HOL

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Aug GEBV og Sep GEBV Køer med DRP - født YdelseMast.KropMalkeorg.LemmerM. tidTemp. Korrelationer HOL RDC JER 1.00 Gennemsnitlig forskel HOL RDC JER 0.0

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Sep12 GEBV ÷ Aug 12 GEBV DNK HOL køer med DRP - født Indeks ændringYdelseMast.Krop Malke- org. Lem- merM. tidTemp. <= to to to -50.5%0.2% -2 to -30.1%0.6%1.6%2.9%5.2%0.4%4.6% -1 to 199.9%99.3%97.6%96.1%84.3%99.4%89.4% 2 to 30.1%0.9%1.0%9.5%0.1%4.5% 4 to 50.6%1.4% 6 to 7 8 to 9 >= 10 Antal

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Sep12 GEBV ÷ Aug12 GEBV DNK RDC køer med DRP - født Indeks ændringYdelseMast.Krop Malke- org. Lem- merM. tidTemp. <= to %0.7% -6 to % -4 to -50.5% 0.7% -2 to % -1 to 198.9%97.9%100.0%98.6% 98.4%98.6% 2 to 3 0.5% 4 to 50.5% 0.7% 6 to 7 0.7% 8 to 9 0.8%0.7% >= 10 Antal

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Sep12 GEBV ÷ Aug12 GEBV DNK JER køer med DRP - født Indeks ændringYdelseMast.Krop Malke- org. Lem- merM. tidTemp. <= to to to to to % 2 to 3 4 to 5 6 to 7 8 to 9 >= 10 Antal

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Ko 1: Resultater fra September EBVGEBVDGV GEBV-EBV Ydelse GEBV≈ gns(DGV,EBV)-5.4 Tilvækst GEBV≈DGV-1.2 Fødsel GEBV≈DGV-3.8 Kælvning GEBV≈DGV-5.0 Frugtbarhed GEBV≈DGV !-0.3 Mastitis GEBV≈ gns(DGV,EBV)-6.2 Sundhed GEBV≈DGV-5.0 Holdbarhed GEBV≈DGV8.4 Krop GEBV≈ gns(DGV,EBV)-3.3 Malkeorganer GEBV≈ gns(DGV,EBV)-1.9 Lemmer GEBV≈DGV-5.7 Malketid GEBV≈DGV3.3 Temperament GEBV > max(DGV,EBV)2.8 Klovsundhed GEBV≈DGV-3.5

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Ko 2: Resultater fra September EBVGEBVDGV GEBV-EBV Ydelse GEBV > max(DGV, EBV)3.6 Tilvækst GEBV≈ gns(DGV,EBV)-1.9 Fødsel GEBV≈DGV2.9 Kælvning GEBV≈DGV1.7 Frugtbarhed GEBV≈DGV-7.3 Mastitis GEBV> max(DGV, EBV)9.7 Sundhed GEBV≈DGV11.1 Holdbarhed GEBV≈DGV17.5 Krop GEBV≈ gns(DGV,EBV)-11.7 Malkeorganer GEBV> max(DGV,EBV)6.5 Lemmer GEBV≈DGV8.8 Malketid GEBV≈DGV-6.8 Temperament GEBV≈ gns(DGV,EBV)-0.8 Klovsundhed GEBV≈DGV7.4

Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Afslutning Nærmeste fremtid: •GEBV for reference tyre •Sikkerhed på GEBV Længere horisont •”1-step”: Simultan beregning af traditionelle EBV, DGV og GEBV (inddata er originale fænotyper og SNP-resultater) •Haplotyper: •Nu: Beregning af hver enkelt SNP-effekt •Måske mere effektivt: Beregning af samlet effekt af grupper af SNP