Opbygning af en reference- population for nye (og gamle) egenskaber L.H. Buch, M.K. Sørensen og A.C. Sørensen.

Præsentationer af emnet: "Opbygning af en reference- population for nye (og gamle) egenskaber L.H. Buch, M.K. Sørensen og A.C. Sørensen."— Præsentationens transcript:

1 Opbygning af en reference- population for nye (og gamle) egenskaber L.H. Buch, M.K. Sørensen og A.C. Sørensen

2 Sikkerheden på DGV’erne afhænger af: Egenskabens arvbarhed eller sikkerheden på tyrenes avlsværdital Antal genotypede dyr med fænotypiske registreringer Antal markører (3K, 50K, HD) Koblingsuligevægt (LD) Sikkerheden på DGV’erne DGV = Direkte genomiske avlsværdital

3 Koblingsuligevægt Allel Q er favorabel m q m mq m m m m q q Q q q q m M Q M MQ M M M M Q Q Q Q Q q M

4 Sikkerheden på indekset Sikkerheden på indekset = + Slægtskab Koblings- uligevægt I denne undersøgelse Sikkerheden på DGV’en DGV = Direkte genomiske avlsværdital

5 Sikkerheden på indekset Sikkerheden på indekset = + Slægtskab Koblings- uligevægt I virkeligheden Sikkerheden på DGV’en Slægtskab * × DGV = Direkte genomiske avlsværdital * Som kan forklares med markører Slægtskab

6 Registrering af nye egenskaber Nye (ofte funktionelle) egenskaber Nye egenskaber registreres muligvis kun på en mindre del af populationen Færre tyre får døtre med fænotypiske registreringer

7 Antal genotypninger er begrænsende Referencepopulationen tilføres hvert år: T30: 30 tyre med 500 døtre T30_K2000: 30 tyre med 500 døtre og 2000 køer med fænotypiske registreringer T30_TT170: 30 tyre med 500 døtre og 170 testtyre med 100 døtre

8 Generelle forudsætninger Arvbarhed på 0,05 38.000 informative markører (50K) Turboplan – tyrene anvendes i avlen så snart de er kønsmodne

9 Sikkerheden på DGV’erne hvis antal genotypninger er begrænsende

10 Køer versus (test)tyre når h 2 = 0,05 Sikkerhed0,150,200,25 Tyre med 500 døtre 4141.15012.000 Testtyre med 100 døtre 1.3403.73039.000 Køer57.700160.5001.680.000 × 43

11 Køer versus (test)tyre når h 2 = 0,30 Sikkerhed0,150,200,25 Tyre med 500 døtre 732042.100 Testtyre med 100 døtre 3339259.700 Køer7.10019.700205.000 × 21

12 Antal fænotypiske registreringer er begrænsende Referencepopulationen tilføres hvert år: K4000: 4000 køer med fænotypiske registreringer T30_D133: 30 tyre med 133 døtre h 2 = 0,05 38.000 informative markører Turboplan

13 Sikkerheden på DGV’erne hvis antal fænotypiske registreringer er begrænsende

14 Anbefaling for nye egenskaber Lavere sikkerheder på DGV’erne for nye funktionelle egenskaber Stor værdi af at inddrage flere dyr i referencepopulationen end brugstyrene

15 Forudsætning  Den eksisterende referencepopulation giver en DGV sikkerhed på 60%  Der opsamles ikke flere fænotyper, hverken på køer eller tyre. Men hvad sker der med ”gamle” egenskaber?

16 Men hvad sker der med ”gamle” egenskaber, hvis sikkerheden alene afhænger af koblingsuligevægt? Sikkerhed Antal generationer En illustration

17 Men hvad sker der med ”gamle” egenskaber hvis sikkerheden afhænger af både koblingsuligevægt og slægtskab? Sikkerhed Antal generationer En illustration Både slægtskab og koblingsuligevægt

18 Sikkerheden falder, hvis vi mangler fænotyper Calus et al., 2010

19 Årsag til faldet Fra 2 til 3: Dyrene er ikke med i referencepopulationen Fra 3 til 4: Dyrene er mindre beslægtede med referencepopulationen

20 Sikkerheden falder, hvis vi mangler fænotyper (Nordiske resultater) R 2 DGV,EBV Far i referencepop. Far ikke i referencepop. Frugtbarhed0,410,33 Protein0,410,36 Yversundhed0,440,34 Mogens Sandø Lund et al., 2009

21 Konklusion Registrering fortsat nødvendig  For at opnå høj DGV sikkerhed på ”nye” egenskaber  For at opretholde/forøge DGV sikkerheden på ”gamle” eg. Stadig anbefalelsesværdigt at teste tyre for at styrke referencepopulationen  Af hensyn til både ”nye” og ”gamle” egenskaber Acceptabel sikkerhed på DGV-er for ”nye” egenskaber fås hurtigst med køer i referencepopulationen Genomisk teststrategi meget afhængig af testpris (tyre vs. køer)