Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Genomisk prediktion Informationsmøde 8. oktober 2014 Ulrik S. Nielsen Jørn Pedersen, Anders Fogh

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Nuværende 2-step metode 19. april | SNP og deregressed proof (DRP) Direct genomic values (DGV) Genomic enhanced breeding values (GEBV)

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Grunddata: Deregressed proof 19. april | Feltdata (kg protein, behandling af yverbetændelse) Systematisk påvirkning (kælvningsalder, kælvningsmåned osv.) Avlsværdital Deregressed proof (DRP) Afhængig af sikkerhed Justeret fænotype

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Grunddata: Deregressed proof 19. april | Afstamning DRP Avlsværdital Egen ydelse + afstamning Afvigelse fra afstamning ud fra egen ydelse

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Deregressed proof (DRP) - genotypede dyr Hundyr: Egen fænotypisk afvigelse fra forældrene - hvis dyret skal have det opnåede avlsværdital Tyre: Døtrenes fænotypiske afvigelse opfattes som fænotype på tyren. Afvigelse af denne fra tyrens forældre - hvis tyren skal have det opnåede avlsværdital 5... | Fænotype tælles kun med én gang!

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Hundyr i referencegruppen - information fra 10 døtre efter tyr med 1. laktationsydelser 6... | Justeret fænotype Testede køer Ikke testede køer Justeret fænotype

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation DRP - anvendt slægtskab for testede dyr Tidligere rutine: Sire, MGS Ny: Sire, Dam (Animal model) Fordel: DRP er tættere på dyrets reelle ydelsesafvigelse 7... |

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation DRP - anvendt slægtskab for testede dyr 8... | Kendt afstamning: 0,5 + 0,25 + 0, ,0625 = 0, fantom Kendt afstamning: 0,5 + 0,25 = 0,75 + fantom Nu Tidligere

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Avlsværdiberegning - Testede køer og afprøvede tyre med DRP DRP = μ + Av. dyr + e Ved benyttelse af: Genomisk slægtskab giver DGV Traditionel slægtskab giver EBV 9... |

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Slægtsskab ud fra SNP 19. april | !Tyr !Helbror Genomisk slægtsskab: Traditionel slægtsskab: 0,5

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Avlsværdiberegning - Testede kvier og unge tyre uden DRP DRP = μ + Av. dyr + e Ved benyttelse af: Genomisk slægtskab giver DGV for kandidater Traditionel slægtskab giver afstamningsindeks 11...|

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Blending DGV: Afstamning (genomisk), afprøvning (DRP) EBV: Afstamning (traditionel), afprøvning (DRP) Kombineres – MEN meget stor overlap af information Ny metode undgår bedre ”double counting”, hvilket gør det lettere at inkludere hundyr i referencegruppen 12...|

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Reference population August 2014 Reference population TyreKøer Holstein25700 a) - RDC7800 b) Jersey2400 c) a) Inkluderer afprøvede tyre fra NLD, FRA, DEU, ESP b) Inkluderer afprøvede tyre fra NOR c) Inkluderer afprøvede tyre fra USA

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Genomisk information øger sikkerheden væsentligt for kandidater! Sikkerhed på seneste 4 årgange afprøvede tyre sammenlignet med sikkerhed på afstamnings- information Eks: Sikkerhed på DGV45% Sikkerhed på afstamning20% Ekstra sikkerhed25% 14

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Ekstra sikkerhed – ud over afstamning for RDC Reference population TyreTyre og køer Mælk0,170,23 Fedt0,160,23 Protein0,120,18 Ydelse0,130,18 Frugtbarhed0,14 Fødsel0,18 Kælvning0,02 Yversundhed0,170,23 Øvrige sygdomme0,14 Kropskapacitet0,240,29 Lemmer0,240,33 Yver0,230,30 Malketid0,170,22 Temperament0,180,21 Holdbarhed0,07 15

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Ekstra sikkerhed – ud over afstamning for HOL Reference population TyreTyre og køer Mælk0,47 Fedt0,410,42 Protein0,360,37 Ydelse0,320,34 Frugtbarhed0,31 Fødsel0,30 Kælvning0,23 Yversundhed0,35 Øvrige sygdomme0,07 Kropskapacitet-- Lemmer0,23!! Yver0,490,51 Malketid0, Temperament0, Holdbarhed0,

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Ekstra sikkerhed – ud over afstamning for JER Reference population TyreTyre og køer Mælk0,230,37 Fedt0,130,21 Protein0,180,32 Ydelse0,160,22 Frugtbarhed0,17 Fødsel0,00 Kælvning-0,02 Yversundhed0,090,16 Øvrige sygdomme-0,11 Kropskapacitet0,190,30 Lemmer0,050,13 Yver0,260,29 Malketid0,150,34 Temperament0,00 Holdbarhed0,11 17

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Stadig forskel i sikkerhed mellem racer Sikkerheder for RDC og Jersey er stadig % point lavere end HOL – men højere end før! Forventer yderligere stigning i sikkerhed når flere genotypede RDC and Jersey køer indgår i referencepopulationen. 18

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Underestimering er væk! For RDC og Jersey er indekser steget for unge tyre og kvier RDC: 4 indeksenheder for ydelse og NTM 0-2 indeksenheder andre egenskaber, hvor køer indgår i referencepopulationen 19

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Underestimering er væk! For RDC og Jersey er indekser steget for unge tyre og kvier Jersey: 2 indeksenheder for ydelse og NTM 0-1 indeksenheder andre egenskaber, hvor køer indgår i referencepopulationen 20

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Sammenhænge - Tidligere vs. nu RDCJersey Egenskaber Genotypede Unge tyre/ kvierKøerUnge tyre/ kvierKøer Uden køer i ref. 0,97-0,99 0,94-0,96 Med køer i ref. 0,88-0,930,89-0,920,77-0,850,87-0,90 21

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation 22 Blå = Ny, Rød = tidligere rutine

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation 23

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation 24

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation 25

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Konklusion – Hvad er forbedret? RDC/JERTidligere rutineNy Afstamning Sire-Maternal grandsire Animal Model Betydning for kandidater, samt køer for egenskaber med stærk trend Reference population TyreTyre og køer Jersey og RDC Blending metodeUdviklet af MTT i 2010 Opdateret af MTT i 2013/14 Tager bedre hånd om “Double counting” 26

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Konklusion Ny model implementeret 2. juli for RDC/JER Positivt modtaget – flere forbedringer på vej Ny model for ydelse hos HOL er sendt til Interbull test Implementering snarest hos HOL 27

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation 28

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Testede hundyr per land og fødselsår ÅrHolsteinRDCJersey DNKFINSWEDNKFINSWEDNKFINSWE Total Holstein total : 18880RDC total : 21634Jersey total : 13439

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation LD-projekt Antal hundyr med og uden egen ydelse Oktober 2014 AntalDNKFINSWETotal RDC Med ydelse Uden ydelse JER Med ydelse Uden ydelse

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Niveau af genomisk testede Holstein Oktober 2014 Tyre med STBTyre uden STBHundyr FødtAntalNTMAntalNTMAntalNTM ,05270,17744, ,18192,411405, ,68886,015808, ,915059, , , , , , , , , , ,6

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Niveau af genomisk testede RDC Oktober 2014 Tyre med STBTyre uden STBHundyr FødtAntalNTMAntalNTMAntalNTM ,0603,42636, ,93433,04886, ,37366,435824, , ,758367, , ,130619, , , , , ,174418,1

Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Niveau af genomisk testede JER Oktober 2014 Tyre med STBTyre uden STBHundyr FødtAntalNTMAntalNTMAntalNTM ,133-1,22046, ,41243,72376, ,71793,825674, ,43256,041404, ,13708,841856, ,638811,220929, ,747611,6