Bio-informatik Søgning efter og karakterisering af mikro RNAer.

Slides:



Advertisements
Lignende præsentationer
Lysbilledserien (nr. 3 af 3) indeholder blandede korte stræktyper: -bingostræk -grovorienteringsstræk -finorienteringsstræk -transportstræk Find evt. algoritmen.
Advertisements

1 Problemkompleksitet 2 Problemers kompleksitet En ineffektiv algoritme: køretiden vokser eksponentielt med input- størrelsen Et problem, der ikke kan.
Moderne genteknologi Celler som fabrikker.
2009NOEA/IT - Databaser/arkitektur1 Databaser Introduktion - Arkitektur Introduktion DBMS-arkitektur Datamodeller.
Peter Ege Symposium Rigshospitalet 5. oktober 2011 Mads Uffe Pedersen professor Center for Rusmiddelforskning Aarhus Universitet Hvad kan den sociale misbrugsbehandling.
Brug en bydel som dit bæredygtige show-room 28. oktober 2010.
MLPA (Multiplex ligation – dependent probe amplification)
Formularer (Access, del 3)
Chris Argyris f
v. Birgit Kjærside Storm Folkeskolelærere Den
Small RNAs as Ubiquitous Regulators of Gene Expression
James G. March & Johan P. Olsen: Organizational Learning and the Ambiguity of the Past                    James G. March Johan P. Olsen.
FUNCTIONAL GENOMICS. FORMÅL Forstå hvorledes celler fungerer på et molekylært niveau og responderer på fysiologiske ændringer.
Molecular analysis of the evolutionary significance of UV-vision in vertebrates Yongsheng Shi and Shozo Yokoyama*
Organisering og navigation John Paulin Hansen September 04 Usability.
Projekt 6: Molekylær Evolution Af Keratin Proteiner Vejleder: Rasmus Nielsen.
RNA editering.
[DAT/SEN NOV04] 1 Beslutningsstøttesystem for jagerpiloter Lars Rosenberg Randleff Forsvarets Forskningstjeneste Seminarkursus, 1. november 2004.
Økonometri 1: Specifikation og dataproblemer1 Økonometri 1 Specifikation, og dataproblemer 4. november 2005.
Målet for os i dag ”At lære jer en simpel model, der sætter jer i stand til, at opbygge en argumentation, der giver jeg gennemslagskraft”
Hvad er forandring?.
Morten Strandgaard, Cad-Q 16. SEPTEMBER 2013 Johan Harrestrup, Cad-Q CAD-Q ROOM MANAGER CLOUD SOLUTIONS BY CAD-Q.
Opslagsfelter (Access, del 6). RHS – Informationsteknologi 2 Udgangspunkt Vi er ofte i den situation, at valg af en type for et felt ikke begrænser vores.
Østjysk rapport om udligning og tilskud Seminar om udligning den 26. April 2010 Job og Økonomidirektør Asbjørn Friis Jensen, Favrskov.
Søgning & sortering Intro søgning Lineær søgning Binær søgning
FEN IntroJava AAU1 Java grundelementer Variable og datatyper Sætninger og udtryk Metoder.
Genom-screening med Illumina SNP-array
Sted og dato (Indsæt --> Diasnummer) Dias 1 Single Molecule Biophysics Verification of the Crooks fluctuation theorem and recovery of RNA folding.
Avancerede Paneldata Metoder I
Begrebskort for lineære differentialligningsmodeller
1 Sortering I elementære metoder. 2 Plan Terminologi Elementære metoder til sortering -sortering ved udvælgelse -sortering ved indsættelse -Shellsort.
Rosalind Franklin f – d.1958 Francis Harry Compton Crick
”Vigtigheden af bæredygtig HR på tværs af landegrænser” Set og oplevet udfra skandinaviske virksomheders synspunkt.
JOBMÅL Tilværelsen bestemmes langt hen ad vejen af tilfældigheder, men mange forhold kan vi kontrollere gennem de beslutninger, vi træffer og de mål, vi.
Introduktion til Bioinformatik
Opslagsfelter (Access, del 6). RHS – Informationsteknologi – Udgangspunkt Vi er ofte i den situation, at valg af en type for et felt ikke begrænser.
DATATYPER. For at tilpasse hvert felt i databasen til dets formål og dermed øge funktionalitet 1 bit er tilstrækkelig til at angive køn (0/1) men for.
1 Sortering. 2 Sortering ved fletning (merge-sort) 7 2 | 9 4  | 2  2 79 | 4   72  29  94  4.
Kriterier for autentiske opgaver Ostebutikken. Basis undervisningen: Læren starter med faglig teori  Hvordan fremstilles det?  Oprindelse?  Hvordan.
DNA baseret taksonomi?. International Commission on Zoological Nomenclature (ICZN) International Association for Plant Taxonomy (IAPT)
Øvelser Usability Metoder. I dag Evaluering af opgaver.  Aflevering.  Strukturen – (se senere). Aftenens øvelse: Usability plan.
Økonometri 1: Specifikation og dataproblemer1 Økonometri 1 Specifikation, og dataproblemer 9. november 2004.
Næste uges opgave Forbered interview med opdragsgiver Spørg til målgruppe, primær sekundær Primære mål og funktioner Alle typer data de kan stille til.
Organisering og navigation John Paulin Hansen September 04 Usability.
Energi og miljø - hvordan får vi mest for pengene? Plantekongres Herning 2007 Henrik Wenzel Danmarks Tekniske Universitet Institut for Produktion og Ledelse,
Organisering og navigation Ole Gregersen 22. Februar 2006 Usability.
Usability ITU, forår 2008 Usability ITU Forår 2008 ’Teori 2’ 3. kursusgang, 14. februar 2008.
Algoritmer og Datastrukturer 1 Quicksort [CLRS, kapitel 7] Gerth Stølting Brodal.
Længste plateau En klassisk problemstilling (Gries, 1981) - og her i Java!!! Denne opgave drejer sig om at bestemme længden af det længste plateau i en.
Kvantitative metoder 2: F31 Kvantitative metoder 2 Beskrivende statistik og analyse af kvalitatitive data 12. februar 2007.
Organisering og navigation John Paulin Hansen Februar 05 Usability.
Søgning.  Michael E. Caspersen, 2000Introducerende objektorienteret programmeringSøgning.2 Søgeproblemer... Søgning efter fil(er) Søgning i databaser.
Med tegninger af Morten Grove OTS
 Michael E. Caspersen, 2000Introducerende objektorienteret programmering7B.1 Søgning.
Jakob Fredslund, datalog, phd.
I o p o DAIMI, AU, Oktober 1999Introducerende objektorienteret programmering7B.1 Søgning.
2. Møde vedr. CDA Aftaleprofilering
Hvad er benchmarking Benchmarking betegner et forbillede, som udgør udgangspunktet for bedømmelsen af en præstation i en eller anden henseende. Benchmarking.
Folkehelsekonferansen Oslo oktober 2015
Kvalitetsarbejde på Hospitalerne
Men – der er ingen data for 4-oxo-pentansyre
TEMA 5 Realisering: Tilpas idéen
Er disse to sekvenser beslægtede?
Algoritmer og Datastrukturer 1
Hemmeligheden bag arvelighed
Mælk og andre Mælkeprodukter.
Climate Change, STX Fysik C
Men – der er ingen data for 4-oxo-pentansyre
Det lydløse terningekast
Herunder typisk med en MEKA-opgørelse
Præsentationens transcript:

Bio-informatik Søgning efter og karakterisering af mikro RNAer

Teori om miRNAer Micro (mi)RNA Single stranded Partially complementary to target RNA Unknown mechanism of action Often conserved between species or even across phyla Precursor: Bulged, partially double-stranded RNA Chromosomal (IGR) 70 nucleotides in length About nucleotides in lenght

Database sites Ensembl - indeholder genbank over flere forskellige organismer - lettere at sammenligne sekvenser på tværs af organismer Wormbase - indeholder genbank over C. elegans og C. Briggsae - begrænset mulighed for at sammenligne sekvenser MFOLD - program der simulerer sekundærstruktur i precurser udfra laveste ∆G – vælger den mest stabile struktur

Søgeredskaber til sekvensanalyser BLAST - Hurtig heuristisk lokal alignment - Bruges når en stor datamængde skal analyseres Smith Waterman (Water) - langsom eksakt lokal alignment - god når sekvenserne er af forskellig længde og hvis de har uens mængder af insertioner/deletioner Needle - langsom eksakt global alignment - god når sekvenserne er af samme længde

Formål At sammenligne kendte miRNA- sekvenser indenfor og mellem forskellige typer af organismer Hvor der findes 100% homologi mellem miRNA-sekvenserne vælges 3 tilfældige til nærmere undersøgelse af konservering i genom-området omkring sekvenserne

Ved brug af kendte precursor sekvenser simuleres disses mest sandsynlige strukturer udfra afgørende fysisk-kemiske parametre, der bestemmer strukturen med laveste frie energi. De 3 tidligere valgte miRNA-pars precursor- sekvenser bruges Lave et filter til scanning af nye miRNAer i forskellige organismers sekvenser. I udarbejdelsen af filteret bruges allerede kendte miRNA til kontrol af filterets effektivitet

Metode til at finde nye miRNA’er i Arabidopsis Fremstille et filter der kan finde nye miRNA - Modellen laves udfra kendte miRNA’er hvor man kender de mRNA’er der er deres targets - Søger i det maskerede genom med mRNA sekvenserne, der er targets for kendte miRNA - Reducerer udfaldet ved at fylde på med kriterier - Resultat = Sekvens af mulig ny miRNA samt længden af denne - Kvalitetstest af filteret ved at sammenligne med det kendte antal miRNA - Problematik: Sensitivitet/selektivitet