Bio-informatik Søgning efter og karakterisering af mikro RNAer
Teori om miRNAer Micro (mi)RNA Single stranded Partially complementary to target RNA Unknown mechanism of action Often conserved between species or even across phyla Precursor: Bulged, partially double-stranded RNA Chromosomal (IGR) 70 nucleotides in length About nucleotides in lenght
Database sites Ensembl - indeholder genbank over flere forskellige organismer - lettere at sammenligne sekvenser på tværs af organismer Wormbase - indeholder genbank over C. elegans og C. Briggsae - begrænset mulighed for at sammenligne sekvenser MFOLD - program der simulerer sekundærstruktur i precurser udfra laveste ∆G – vælger den mest stabile struktur
Søgeredskaber til sekvensanalyser BLAST - Hurtig heuristisk lokal alignment - Bruges når en stor datamængde skal analyseres Smith Waterman (Water) - langsom eksakt lokal alignment - god når sekvenserne er af forskellig længde og hvis de har uens mængder af insertioner/deletioner Needle - langsom eksakt global alignment - god når sekvenserne er af samme længde
Formål At sammenligne kendte miRNA- sekvenser indenfor og mellem forskellige typer af organismer Hvor der findes 100% homologi mellem miRNA-sekvenserne vælges 3 tilfældige til nærmere undersøgelse af konservering i genom-området omkring sekvenserne
Ved brug af kendte precursor sekvenser simuleres disses mest sandsynlige strukturer udfra afgørende fysisk-kemiske parametre, der bestemmer strukturen med laveste frie energi. De 3 tidligere valgte miRNA-pars precursor- sekvenser bruges Lave et filter til scanning af nye miRNAer i forskellige organismers sekvenser. I udarbejdelsen af filteret bruges allerede kendte miRNA til kontrol af filterets effektivitet
Metode til at finde nye miRNA’er i Arabidopsis Fremstille et filter der kan finde nye miRNA - Modellen laves udfra kendte miRNA’er hvor man kender de mRNA’er der er deres targets - Søger i det maskerede genom med mRNA sekvenserne, der er targets for kendte miRNA - Reducerer udfaldet ved at fylde på med kriterier - Resultat = Sekvens af mulig ny miRNA samt længden af denne - Kvalitetstest af filteret ved at sammenligne med det kendte antal miRNA - Problematik: Sensitivitet/selektivitet