Genomisk information Ulrik Sander Nielsen og Gert Pedersen Aamand Naturerhverv.dk Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri Den Europæriske Landbrugsfond.

Præsentationer af emnet: "Genomisk information Ulrik Sander Nielsen og Gert Pedersen Aamand Naturerhverv.dk Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri Den Europæriske Landbrugsfond."— Præsentationens transcript:

1 Genomisk information Ulrik Sander Nielsen og Gert Pedersen Aamand Naturerhverv.dk Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri Den Europæriske Landbrugsfond for Udvikling af Landdistrikterne Danmark og EU investerer i landdistrikterne. STØTTET AF mælkeafgiftsfonden Link til: European Agricultural Fund for Rural Development Videncentret for Landbrug 30-10-2013

2 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Stabilitet af NTM - niveau Holstein avlsværdital fra maj 2011 vs. november 2013 Niveau Nov. 2013 Niveau af avlsværdital fra maj 2011 -8-40481216202428+ 1014345764117956529123 11-122612161333 13-1415712571 15-1622491472 17-181210 83 19-2016364 21-2222343 23-2411131 25-26111 27-282 >=2911

3 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Stabilitet af NTM - niveau RDC avlsværdital fra maj 2011 vs. November 2013 Niveau Nov. 2013 Niveau af avlsværdital fra maj 2011 -8-40481216>20 10134362887357202 11-12384761 13-14233811 15-16122631 17-18114841 19-202412 21-22222 23-24212 25-26 27-282

4 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Stabilitet af NTM - niveau Jersey avlsværdital fra maj 2011 vs. november 2013 Niveau Nov. 2013 Niveau af avlsværdital fra maj 2011 -40481216 10462831176 11-121333 13-14162 15-16321 17-18112 19-2011 21-221 23-241 25-2611 27-28 29-30

5 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Avlsmæssig niveau for testede Holstein dyr November kørsel 2013 Tyre med stamb.Tyre uden stamb.Hundyr FødtAntalNTMAntalNTMAntalNTM 20083048,95121,77588,9 200929212,18274,310847,4 201024917,08858,0146811,0 201120021,5150012,1220412,4 201217426,0179416,5261815,6 20131324,1161620,1142720,5

6 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Avlsmæssig niveau for testede RDC dyr November kørsel 2013 Tyre med stamb.Tyre uden stamb.Hundyr FødtAntalNTMAntalNTMAntalNTM 20082585,1602,525211,0 20092475,83431,24719,9 20102588,77364,223506,9 201129412,515158,129807,4 201223317,5210311,122968,8 20135217,0147014,762413,6

7 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Avlsmæssig niveau for testede Jersey dyr November kørsel 2013 Tyre med stamb.Tyre uden stamb.Hundyr FødtAntalNTMAntalNTMAntalNTM 2008476,6330,01188,4 2009598,61242,51528,8 2010738,91783,712336,2 20117513,13236,818757,9 20125015,23769,512137,1 201329112,729111,1

8 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Testede hundyr pr. fødselsår og land ÅrHolsteinRDCJersey DNKFINSWEDNKFINSWEDNKFINSWE 200735035543279257401 20086295574591603311800 20098191331328328810014615 2010101034111733812068061196136 2011122975122446518836321797372 20121580893145504137142111721031 2013970435221844142610610 Total71682672864169954672088470216157 Holstein i alt : 10704RDC i alt : 9254Jersey i alt : 4875

9 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation DNK hundyrs alder ved opload af gen. test - ikke LD projekt HOLRDCJER 0-6 mdr.75415591 6-12 mdr.5579181 12-18 mdr.2432820 18-24 mdr.4885 24-30 mdr.4233 36-42 mdr.3701 > 42 mdr.2315 Total1726291209

10 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Yngste dyrs aldersfordeling AlderHOLRDCJER 0 mdr.1221 1 mdr.136373 2 mdr.1454112 3 mdr.1342414 4 mdr.1652628 5 mdr.1622533

11 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation LD-projekt Hundyr med og uden ydelse i november DNKFINSWETotal RDC Med ydelse2308206741724 Uden ydelse29110145301835 JER Med ydelse1653291682 Uden ydelse1975462021

12 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Max forøgelse af referencegruppen for ydelse HOLRDCJER Tyre2410077001200 Samlet29100122003900 Stigning21%58%225% Men husk: Køer har lavere sikkerhed og dermed mindre information Køers avlsværdital kan være biased Køer giver ikke information om alle egenskaber (Sire model contra animal model)

13 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Effekt af køer i referencegruppen Trin 1 Normal test med udelukkende tyre i reference gruppen: Avlsværdital (DRP tyr ) for alle genomisk testede tyre med afkomsundersøgelse Fjerne DRP tyr for valideringstyre (3-4 sidste årgange) og beregne DGV for alle dyr Sammenhæng mellem DRP tyr og DGV for valideringstyre viser, hvor meget DGV forklarer af den sande avlsværdi

14 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Effekt af køer i referencegruppen Trin 2 Test af ekstra effekt af hundyr i reference gruppen Avlsværdital (DRP tyr /DRP ko ) for alle genomisk testede tyre og hundyr med egen information (afkomsprøve eller egen præstation) Fjerne DRP tyr /DRP ko for valideringstyre og deres afkom og beregne ny DGV for alle dyr Sammenhæng mellem DRP tyr fra trin 1 og ny DGV for valideringstyre, viser hvor meget DGV forklarer af den sande avlsværdi

15 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Foreløbige effekter af at inkludere hundyr RDCJER YdelseXXXX YversundhedXX(X)XXX KropXXXXX Lemmer-X MalkeorganerXXX MalketidXXX Temperament-- XXX svarer til ca. 5 procent enheders forøgelse af sikkerhed

16 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Mere præcise GEBV Observeret RDC og Jersey problem (Jersey udveksling af referencegruppe med US) Køer i referencegruppen Optimal blending One step

17 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Genomisk selektion fokus de kommende måneder RDC og Jersey observeret undervurdering af GEBV Tyre er generelt steget i NTM, når de har fået malkende døtre – dvs. NTM>GNTM Genotypede kvier fra LD projektet har i gennemsnit lavere GEBV end afstamningsindeks Effekten skabes primært af Y-indekset (egenskab med størst trend)

18 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Ændring 2. november 2013 Standardisering for at håndtere ”inflation” af DGV ændres til at ske indenfor årgang i stedet for på tværs af årgange for kandidater Herved løses en del af det observerede problem, men ikke det hele

19 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Effekt af ny standardisering for protein RDCJerseyHolstein Fød.årGl.NyGl.NyGl.Ny 2009101,2102,0103,1103,7104,9105,5 2010102,4102,7103,5103,7106,6107,5 2011104,0104,9104,7105,5107,6108,5 2012104,4105,9 107,1110,2111,6 2013105,4107,7105,7107,6110,9112,5

20 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Videre arbejde med niveauproblem hos RDC og Jersey Fokus på: DGV prædiktion og antal dyr i reference- gruppen Niveau af morinformation ved blending

21 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Køer i referencegruppen De første analyser er foretaget og er positive Analysere effekt af kun LD versus alle køer i ref. gruppe Nuværende blending procedure vil give double counting af information, hvis den anvendes på køer, der indgår i referencegruppen – det skal løses, før køer kan komme med i ref. gruppen

22 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Two step versus one step Two step Fænotyper til EBV EBV til DRP DRP + genotyper=DGV DGV+DRP=GEBV One step Fænotyper+genotyper =GEBV

23 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation One step Fordele Simultan løsning der udnytter alle fænotyper og genotyper på en gang Ingen dobbelt counting af informationer En stor fordel til effektiv håndtering af køer i ref. gruppen

24 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Status - One step MTT Finland Testkørsler på alle data for RDC for ydelse og mastitis Rimelig beregningstid Resultater inflated Stor indsats på dette felt i det kommende år