Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Blendede avlsværdital hos køer Jørn Pedersen Ulrik S. Nielsen, Gert P. Aamand, Anders Fogh,

Præsentationer af emnet: "Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Blendede avlsværdital hos køer Jørn Pedersen Ulrik S. Nielsen, Gert P. Aamand, Anders Fogh,"— Præsentationens transcript:

1 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Blendede avlsværdital hos køer Jørn Pedersen Ulrik S. Nielsen, Gert P. Aamand, Anders Fogh, Guosheng SU(AU), Esa M ӓ ntysaari(MTT)

2 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Navne •EBV: ”Almindelige avlsværdier” •DRP: Genberegnet fænotype - (ud fra EBV og sikkerhed) •DGV: Avlsværdi beregnet ud fra genomisk test resultater Genomisk testresultater = ca. 45.000 SNP-resultater •GEBV: Blended avlsværdier = kombination af DGV og DRP

3 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Nyheder og ændringer August 2012 GEBV for køer: •Oplysning om køernes EBV/DRP indgår Omtales ikke •Ændret definition af fantomforældre •Ændret beregning af DRP •GEBV for klovsundhed

4 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Blendede avlsværdital hos køer Oversigt •Introduktion til blending–proceduren •Resultater: Korrelationer og ændringer •EBV maj12 – GEBV aug12 •GEBV aug12 – GEBV sep12 •2 eksempler

5 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Blending proceduren Data •SNP-resultater (ca. 45.000): Alle testede dyr •EBV: Officielle avlsværdier + sikkerhed Blending indtil august 2012 •DRP: Beregnes for reference tyre ud fra EBV og sikkerhed. •DGV beregnes (en samlet procedure: GBLUP): o SNP-effekter beregnes ud fra SNP-resultater og DRP (reference tyre) o DGV beregnes derefter for alle testede •GEBV: Blendede avlsværdital beregnes ud fra: o DGV og DRP: Reference tyre o DGV og afstamn. (DRP FAR, DRP MF ) : Kandidattyre, kvier, køer

6 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Blending proceduren Data •SNP-resultater (ca. 45.000): Alle testede dyr •EBV: Officielle avlsværdier + sikkerhed Blending: August 2012 og fremover Uændret •DRP: Beregnes for reference tyre ud fra EBV og sikkerhed. •DGV beregnes (en samlet procedure: GBLUP): o SNP-effekter beregnes ud fra SNP-resultater og DRP (reference tyre) o DGV beregnes derefter for alle testede •DRP: Beregnes for reference tyre + køer ud fra EBV og sikkerhed •GEBV: Blendede avlsværdital beregnes ud fra: o DGV og DRP: Reference tyre, køer o DGV og afstamning (DRP FAR, DRP MF ) : Kandidattyre, kvier

7 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Data: EBV Kun reference tyre Deregression EBV → DRP GBLUP: beregner DGV Ref. Tyre: DRP + SNP-resultater → SNP-effekter SNP-effekter +SNP-resultater → DGV (alle) BLENDING: GEBV beregnes DRP og DGV DRP-sikkerhed og DGV-sikkerhed Data: G-testresultater (SNP) Tyre og køer Deregression EBV→ DRP

8 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Resultater - generelt •GEBV baseret på DGV og DRP •Tyre i referencegruppen: GEBV ≈ EBV (≈ DGV) •Køer: GEBV – mellem DGV og EBV •GEBV baseret på DGV (og afstamningsværdi): •GEBV ≈ DGV (kandidattyre og kvier)

9 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Andre detaljer vedr. blending Sikkerhed: DGV- og DRP-informationen vægtes sammen på grundlag af deres sikkerhed •DGV-sikkerhed: Validerings-sikkerhed for DGV anvendes. Den er ens for alle dyr pr. egenskab •Referencetyre: DRP(EBV) informationen anvendes 2 gange. Sikkerheden på DRP bliver nedjusteret DGV variation: DGV variation for dyr, som ikke er i referencegruppen – er for stor – Variationen bliver nedjusteret

10 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Hvilke egenskaber har DRP hos køer EBV-baseret på egen-præstation •Ydelse (Mælk, Protein, Fedt) •Mastitis •Krop •Malkeorganer •Lemmer •Malketid •Temperament

11 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Tabeller med resultater •Antal køer •Maj EBV – Aug. GEBV o Korrelationer og gennemsnitlige ændringer o Fordeling af ændringer •Aug. GEBV – Sep. GEBV o Korrelationer og gennemsnitlige ændringer o Fordeling af ændringer •Eksempler

12 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Hundyr testetTestede med EBV/DRP NAV HOLRDCJERHOLRDCJER Alle576332227922609982467 45.3%30.5%59.0% Fødselsår <=200415216341501634 200519547251904725 200632871453177145 20074071307339512873 2008637242116604231108 2009863412151753380138 2010122377015020010944 201116531301184000 201229723214000 Ukendt810000

13 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Hundyr testetTestede med EBV/DRP DNK HOLRDCJERHOLRDCJER Alle37636457551989221448 52.9%34.3%59.3% Fødselsår <=2004113628111628 200516212221571222 200628016422701642 200732031723113172 20085115811648655108 20096098014552574133 20107851651451292743 2011815205173000 20121677212000 Ukendt100000

14 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Aug GEBV og Maj EBV Køer med DRP - født 2007-2010 YdelseMast.Krop Malke- org.LemmerM. tidTemp. Korrelationer HOL 0.900.810.850.770.760.750.76 RDC 0.940.900.85 0.770.890.81 JER 0.940.860.890.940.870.930.94 Gennemsnitlig forskel HOL -1.20.1-0.9-0.32.0-0.90.5 RDC -2.1-0.7 -1.1-0.1-1.2-0.9 JER -1.2-0.70.4-1.1-0.2-0.42.0

15 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Fordeling af ændringer: Aug12 GEBV ÷ Maj 12 EBV DNK HOL køer med DRP - født 2007-2010 Indeks ændringYdelseMast.Krop Malke- org. Lem- merM. tidTemp. <= -10 2.1%1.6%4.2%6.2%2.8%11.1%3.2% -8 to -9 4.9%3.3%4.9%5.2%3.5%6.6%3.4% -6 to -7 8.6%6.9%7.6% 4.7%8.1%6.1% -4 to -5 14.7%10.6%10.3%10.5%6.5%9.1%8.1% -2 to -3 18.5%16.2%17.5%12.5%10.3%10.8%14.4% -1 to 124.7%22.4%23.9%19.6%17.9%15.0%20.3% 2 to 3 11.9%15.1%12.3%12.8%14.6%10.9%14.9% 4 to 5 7.6%10.8%9.4%9.3%10.9%9.1%10.9% 6 to 7 4.0%7.2%5.5%6.9%11.6%8.3%10.4% 8 to 9 2.0%3.5%2.8%3.7%6.3%4.7%4.1% >= 10 1.0%2.4%1.6%5.7%10.8%6.2%4.1% Antal13101309978 678978

16 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Fordeling af ændringer: Aug12 GEBV ÷ Maj 12 EBV DNK RDC køer med DRP - født 2007-2010 Indeks ændringYdelseMast.Krop Malke- org. Lem- merM. tidTemp. <= -10 1.3%2.9%0.7%2.9%4.3% -8 to -9 1.3%0.7%4.4%2.2%4.3%2.9% -6 to -7 9.4%7.5%0.7%5.1%10.3% 5.9% -4 to -5 23.1%10.6%9.6%13.2%7.4%13.7%14.7% -2 to -3 28.8%15.0%28.7%21.3%16.9%15.4%19.9% -1 to 123.8%40.6%33.1%33.8%22.8%16.2%35.3% 2 to 3 8.8%15.0%14.7%17.6%10.3%18.8%10.3% 4 to 5 2.5%6.9%7.4%2.9%15.4%10.3%7.4% 6 to 7 2.5%3.1%0.7% 4.4%6.0%1.5% 8 to 9 0.7% 2.9%0.9%0.7% >= 10 0.7% 4.4% 1.5% Antal160 136 117136

17 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Fordeling af ændringer: Aug12 GEBV ÷ Maj 12 EBV DNK JER køer med DRP - født 2007-2010 Indeks ændringYdelseMast.Krop Malke- org. Lem- merM. tidTemp. <= -10 1.0%1.6%0.4% -8 to -9 0.0%2.9%3.1%1.9%1.2%2.0%1.3% -6 to -7 2.3%4.2%7.8%3.9%4.7%3.4% -4 to -5 10.7%12.0%14.0%12.5% 12.7%8.1% -2 to -3 25.3%19.2%16.7%23.3%18.7%15.7%10.3% -1 to 143.8%36.4%29.2%37.0%33.9%31.9%36.3% 2 to 3 11.7%15.3%15.2%14.4% 17.6%19.7% 4 to 5 4.2%6.8%7.4%5.4%8.6%9.8%12.8% 6 to 7 1.9%2.6%4.3%1.2%3.9%4.4%5.1% 8 to 9 0.3%0.8% 1.6%2.9%3.0% >= 10 0.3% 0.4% 0.5% Antal308 257 204234

18 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Fra Maj EBV til Aug. GEBV Forventet størrelsesorden af ændringer På grund af: •Blending af DGV og EBV/DRP •DGV sikkerhed ≈ EBV-sikkerhed Desuden: •Nye data

19 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Opsummering GEBV erstatter EBV hos køer m. G-test •10 egenskaber •GEBV – EBV er negativ: Især ydelse, 1 – 2 indeksenheder •Korrelation GEBV-EBV: 0.75-0.95 o Højest for JER – Lavest for HOL o Højest for ydelse •Forventede, store ændringer vil forekomme: 60- 85% ændrer sig mere een indeksenhed.

20 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Aug. GEBV – Sep. GEBV •EBV – opdateret med IB-resultater (Euro-genomics - Geno) •Rettelser (af f.eks. forbytninger) o HOL: Få køer med mindre effekt o RDM: 2 køer med stor effekt •GEBV: o Ændringerne er små o Størst hos HOL

21 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Aug GEBV og Sep GEBV Køer med DRP - født 2007-2010 YdelseMast.KropMalkeorg.LemmerM. tidTemp. Korrelationer HOL 1.00 0.991.000.99 RDC 1.00 0.991.000.99 JER 1.00 Gennemsnitlig forskel HOL 0.0 -0.1-0.20.10.0 RDC 0.0-0.20.0 JER 0.0

22 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Sep12 GEBV ÷ Aug 12 GEBV DNK HOL køer med DRP - født 2007-2010 Indeks ændringYdelseMast.Krop Malke- org. Lem- merM. tidTemp. <= -10 -8 to -9 -6 to -7 -4 to -50.5%0.2% -2 to -30.1%0.6%1.6%2.9%5.2%0.4%4.6% -1 to 199.9%99.3%97.6%96.1%84.3%99.4%89.4% 2 to 30.1%0.9%1.0%9.5%0.1%4.5% 4 to 50.6%1.4% 6 to 7 8 to 9 >= 10 Antal143614331029 7241029

23 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Sep12 GEBV ÷ Aug12 GEBV DNK RDC køer med DRP - født 2007-2010 Indeks ændringYdelseMast.Krop Malke- org. Lem- merM. tidTemp. <= -10 -8 to -9 0.8%0.7% -6 to -7 0.7% -4 to -50.5% 0.7% -2 to -3 1.6% -1 to 198.9%97.9%100.0%98.6% 98.4%98.6% 2 to 3 0.5% 4 to 50.5% 0.7% 6 to 7 0.7% 8 to 9 0.8%0.7% >= 10 Antal187 143 124143

24 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Sep12 GEBV ÷ Aug12 GEBV DNK JER køer med DRP - født 2007-2010 Indeks ændringYdelseMast.Krop Malke- org. Lem- merM. tidTemp. <= -10 -8 to -9 -6 to -7 -4 to -5 -2 to -3 -1 to 1100.0% 2 to 3 4 to 5 6 to 7 8 to 9 >= 10 Antal356355295 234245

25 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Ko 1: Resultater fra September EBVGEBVDGV GEBV-EBV Ydelse128122.6111.0GEBV≈ gns(DGV,EBV)-5.4 Tilvækst110108.8 GEBV≈DGV-1.2 Fødsel104.9101.1101.0GEBV≈DGV-3.8 Kælvning94.989.990.6GEBV≈DGV-5.0 Frugtbarhed108.1107.8109.6GEBV≈DGV !-0.3 Mastitis114107.8100.1GEBV≈ gns(DGV,EBV)-6.2 Sundhed112.3107.3106.1GEBV≈DGV-5.0 Holdbarhed101.7110.1109.6GEBV≈DGV8.4 Krop9692.788.7GEBV≈ gns(DGV,EBV)-3.3 Malkeorganer108106.1101.8GEBV≈ gns(DGV,EBV)-1.9 Lemmer9690.390.8GEBV≈DGV-5.7 Malketid96.7100.099.3GEBV≈DGV3.3 Temperament104106.8104.0GEBV > max(DGV,EBV)2.8 Klovsundhed104.5101.0100.4GEBV≈DGV-3.5

26 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Ko 2: Resultater fra September EBVGEBVDGV GEBV-EBV Ydelse106109.6104.5GEBV > max(DGV, EBV)3.6 Tilvækst108106.199.5GEBV≈ gns(DGV,EBV)-1.9 Fødsel103.3106.2106.0GEBV≈DGV2.9 Kælvning102.5104.2104.7GEBV≈DGV1.7 Frugtbarhed103.295.995.4GEBV≈DGV-7.3 Mastitis112121.7117.7GEBV> max(DGV, EBV)9.7 Sundhed110.5121.6120.3GEBV≈DGV11.1 Holdbarhed99.3116.8117.5GEBV≈DGV17.5 Krop11098.391.1GEBV≈ gns(DGV,EBV)-11.7 Malkeorganer114120.5117.4GEBV> max(DGV,EBV)6.5 Lemmer103111.8111.7GEBV≈DGV8.8 Malketid98.091.191.0GEBV≈DGV-6.8 Temperament101100.299.6GEBV≈ gns(DGV,EBV)-0.8 Klovsundhed98.5105.9104.6GEBV≈DGV7.4

27 Nordisk Avlsværdi Vurdering • Nordic Cattle Genetic Evaluation Afslutning Nærmeste fremtid: •GEBV for reference tyre •Sikkerhed på GEBV Længere horisont •”1-step”: Simultan beregning af traditionelle EBV, DGV og GEBV (inddata er originale fænotyper og SNP-resultater) •Haplotyper: •Nu: Beregning af hver enkelt SNP-effekt •Måske mere effektivt: Beregning af samlet effekt af grupper af SNP