Efteruddannelse i Bioteknologi

Præsentationer af emnet: "Efteruddannelse i Bioteknologi"— Præsentationens transcript:

1 Efteruddannelse i Bioteknologi
Kursus A Genteknologiske metoder

2 Kursus indhold

3 Gelelektroforese

4 To formater – to geler Agarose-gelelektroforese
horisontal elektroforese 100 – bp Elektroforese ≈ 1 time Polyakrylmid-gelelektroforese oftest vertikal elektroforese 10 – 1000 bp Elektroforese ≈ 1 – flere timer

5 Agarosegel

6 Agarose

7 Støbning af gel

8 Polyacrylamid

9 Visualisering Ethidiumbromid SYBR safe SYBR Green, Red, Orange
Fast Blast (Coomassie?) Southern blot (DNA) Northern blot (RNA)

10 Visualisering Ethidiumbromid

11 SYBR Safe…

12 FastGel system

13 Southern blot

14 Northern blot

15 Gel-oprensning Agaroseelektroforese Udskæring af ønsket bånd
”Smeltning” af båndet med guanidinium thiocyanat Adsorption på silica-kolonne Eluering fra kolonne med vand eller TE

16 Gel-oprensning

17 Den vigtigste metode i moderne bioteknologi!
PCR-metoden Den vigtigste metode i moderne bioteknologi!

18 PCR historie 1971: Kleppe et al 1976: Taq polymerase 1983: Kary Mullis
A method using an enzymatic assay to replicate a short DNA template with primers in vitro. 1976: Taq polymerase DNA polymerase fra Thermus aquaticus. 1983: Kary Mullis Opfandt PCR metoden baseret på Taq-polymerase 1993: Kary Mullis fik Nobel prisen

19 PCR

20 PCR-basics Template DNA Primere Polymerase Buffer dNTP Mg2+ K+ DMSO
Optimering: Annealing temperatur Primersekvens [Mg2+] Hot start Tuch-down start

21 PCR-applikationer Selektiv amplificering fra gDNA
Prober DNA-kloning DNA-fingerprinting Amplificering og kvantifikation Små DNA koncentrationer (PaleoPCR) Genekspression Diagnose Genetiske varianter Bakterielle og virus inektioner

22 Mange forskellige typer PCR
Allele-specific PCR single-nucleotide polymorphisms (SNPs) Allel-størrelse (STR- FBI) Assembly PCR Samling af lange overlappende stykker DNA Asymmetric PCR DNA sekventering Quantitative PCR, Q-PCR, Real time-PCR Bestemmelse af udgangskoncentrationer af DNA, cDNA eller RNA RT-PCR (Reverse Transcription PCR) reverse transcriptase omdannelse af RNA til cDNA efterfulgt af PCR Mutagenesis PCR Indføring af mutationer med PCR Degenered PCR Nested PCR