Fra SNP til DGV Ulrik Sander Nielsen og Anders Fogh Informationsmøde 29. september 2011.

Præsentationer af emnet: "Fra SNP til DGV Ulrik Sander Nielsen og Anders Fogh Informationsmøde 29. september 2011."— Præsentationens transcript:

1 Fra SNP til DGV Ulrik Sander Nielsen og Anders Fogh Informationsmøde 29. september 2011

2 Nuværende 2-step metode 14. april 20152...| SNP og deregressed proof (DRP) Direct genomic values (DGV) Genomic enhanced breeding values (GEBV)

3 Grunddata: SNP Angivelse af SNP variant for 50.000 positioner fordelt over kvægets kromosomer for alle genotypede tyre Kevin har fortalt om opbygning 14. april 20153...|

4 Grunddata: Deregressed proof 14. april 20154...| Feltdata (kg protein, behandling af yverbetændelse) Systematisk påvirkning (kælvningsalder, kælvningsmåned osv.) Avlsværdital Deregressed proof (DRP) Afhængig af sikkerhed

5 Egen registrering: Deregressed proof (DRP) - Uden korrektion for systematiske effekter 14. april 20155...| KoYdelseh2AvlsværditalSikkerhedDRP A100,22,00,210 B20,20,40,22 C-40,2-0,80,2-4 Deregressed proof: Avlsværdital / Sikkerhed Gns. = 0

6 Døtregruppe: Deregressed proof (DRP) - Uden korrektion for systematiske effekter 14. april 20156...| TyrDøtres Ydelse Antal døtre h2SikkerhedAvlsværditalDRP A10300,20,6112,2020 B250,20,210,844 C-4200,20,51-4,08-8 Deregressed proof: Avlsværdital / Sikkerhed Gns. = 0

7 Døtregruppe: fra DRP tilbage til avlsværdital 14. april 20157...| TyrDRPEff. døtreSikkerhedAvlsværdital A20300,6120 * 0,61 = 12,2 B450,264 * 0,26 = 0,84 C-8200,51-8 * 0,51 = -4,08 Gns. = 0

8 Eksempler – virkeligheden er desværre mere kompliceret! Slægtsskab mellem tyre Nogle tyre har sønnegrupper med data Gennemsnit er ikke 0 Anvender metode, som tager højde for dette 14. april 20158...|

9 Deregressed proof (DRP) basis for DGV 14. april 20159...| Deregressed proof eller felt data Samme avlsværdital Avlsværdivurdering Årsagen til, at der anvendes DRP er, at mange feltdata kan regnes sammen til et tal pr tyr

10 Slægtsskab ud fra SNP 14. april 201510...| !Tyr !Helbror Genomisk slægtsskab: 0 - 1 Traditionel slægtsskab: 0,5

11 Genomisk avlsværdivurdering DRP = μ + Testet dyr + e Genomisk slægtsskabsmatrice Tyre uden DRP er inkluderet Sikkerheden på DRP er inddraget i model Resultat : DGV 14. april 201511...|

12 Traditionel avlsværdivurdering Felt data = μ + sys. effekt. + dyr + e Traditionel slægtsskabsmatrice Alle hundyr og tyre er inkluderet Software og metode til genomisk og traditionel avlsværdivurdering er den samme! 14. april 201512...|

13 Sikkerheder på DGV for kandidater fastlægges ud fra valideringstest Beregne DRP -4år med alle testede dyr med afkom i beregningen, men de 4 yngste årgange slettes efter beregningen af DRP Beregne DGV -4år på grundlag af DRP -4år Gemme DRP med alle tyre inkluderet (DRP alle ) Foretage lineær regression, hvor kun tyre, der var udeladt i DRP -4år er inkluderet Sammenlign med lineær regression, hvor DGV er erstattet af afstamning 14. april 201513...|

14 Lineær regression Model 1: DRP alle = b1 + b2*DGV -4år (model 1) Forventning: b1 = 0 b2 = 1 Sikkerhed på DGV -4år : R2/ sikkerhed DRP (R2 model 1) Model 2: DRP alle = b1 + b2(1/2 far + ¼ mf) (model 2) Sikkerhed pga. afstamning: R2/ sikkerhed DRP (R2 model 2) Andel, som afstamningen kan forklare Ekstra sikkerhed = R2(model 1) -R2(model 2) 14. april 201514...|

15 Sikkerheder på udvalgte egenskaber for HOL 14. april 201515...| Sik. DRP b2b2 R2R2 b2b2 R2R2 Sik. DGV Sik. afst. Stig. sik. Model 1Model 2 Ydelse0,910,890,500,55

16 Sikkerheder på udvalgte egenskaber for HOL 14. april 201516...| Sik. DRP b2b2 R2R2 b2b2 R2R2 Sik. DGV Sik. afst. Stig. sik. Model 1Model 2 Ydelse0,910,890,501,040,230,550,250,30

17 Sikkerheder på udvalgte egenskaber for HOL 14. april 201517...| Sik. DRP b2b2 R2R2 b2b2 R2R2 Sik. DGV Sik. afst. Stig. sik. Model 1Model 2 Ydelse0,910,890,501,040,230,550,250,30 Mast.0,810,840,390,870,140,480,170,31 Lemmer0,580,660,140,830,060,240,100,14

18 Sikkerheder på udvalgte egenskaber for RDC 14. april 201518...| Sik. DRP b2b2 R2R2 b2b2 R2R2 Sik. DGV Sik. afst. Stig. sik. Model 1Model 2 Ydelse0,920,820,300,830,100,330,110,22 Mast.0,840,820,200,830,080,240,100,14 Lemmer0,551,110,150,800,040,270,070,20

19 Sikkerheder på udvalgte egenskaber for JER 14. april 201519...| Sik. DRP b2b2 R2R2 b2b2 R2R2 Sik. DGV Sik. afst. Stig. sik. Model 1Model 2 Ydelse0,920,820,290,32 0,35-0,03 Mast.0,861,010,270,31 0,110,19 Lemmer0,581,140,180,090,310,150,16

20 Mange faktorer påvirker sikkerheden Antallet af dyr i referencegruppen Hvor veldefineret egenskaben er – eksempelvis Euro Genomics, lemmer Hvor homogen referencegruppen er – eksempelvis Holstein versus RDC Sikkerheden på traditionelle avlsværdital Arvbarhed Døtregruppe-størrelse 14. april 201520...|

21 Information fra DGV omregnet til døtre - information fra afstamning er inkluderet 14. april 201521...| Sikkerhed på DGV Arvbarhed0,100,150,200,250,300,350,400,450,500,60 0,022235506685107132162199299 0,0591520263443536579199 0,10471013172126323959 0,153569111417212639 0,20235681013161929 0,301234568101219

22 Afstamning og ekstra information omregnet til effektive døtre Eksempel mastitis 14. april 201522...| TyrHOLRDCJersey Total sikkerhed på DGV382634 Afstamning14912 Ekstra information fra GSca. 25ca. 17ca. 24

23 Sammenhæng mellem sikkerhed og spredning på indeks 14. april 201523...| Eks. Ydelse HOL: 0,91 = (10) 2 /(genetisk spredning) 2 Genetisk spredning = 10,48 Spredningen på ydelsesindekser med en given sikkerhed skal derfor være: √ sikkerhed * 10,48 Sikkerhed = VAR(indeks)/VAR(genetisk)

24 Spredning på DGV ydelse for HOL Spred. på ikke std. DGV ydelse HOL: 8.73 Sikkerhed på DGV: 0.55 Korrekt spredning på DGV: √ 0.55 *10.48 = 7.77 Ikke std. DGV skal multip. Med: 7.77/8,73 = 0.89 Valideringstest af DGV kan gentages Velkendt, at ikke std. DGV har for stor spredning (inflated) 14. april 201524...|

25 Ny valideringstest for DGV HOL ydelse på grundlag af std. DGV Model 1 DRP alle = b 1 + b 2 × DGV -4år (std.) Resultat: b 2 = 1,0 i stedet for 0,89 Herefter vil indekserne i gennemsnit hverken stige eller falde, når døtre-information inkluderes 14. april 201525...|

26 Anerkendelse Den Europæiske Union ved Den Europæiske Fond for Udvikling af Landdistrikter og Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri har deltaget i finansieringen af projektet. DNA-ordog