Faderskabsanalyse i en Afrikansk elefantpopulation (Loxodonta africana) ved brug af nukleære mikrosatelliter.

Præsentationer af emnet: "Faderskabsanalyse i en Afrikansk elefantpopulation (Loxodonta africana) ved brug af nukleære mikrosatelliter."— Præsentationens transcript:

1 Faderskabsanalyse i en Afrikansk elefantpopulation (Loxodonta africana) ved brug af nukleære mikrosatelliter

2 Introduktion: Brug af mikrosatelliter I elefanter: Social adfærd – loci heterozygositet Artsforskelle – genotypisk divergence Generelt: Forældreskabsanalyser Fylogeografiske undersøgelser Faderskabsanalyse i Kenyansk elefantpopulation

3 Introduktion: DNA prøver * Nairobi

4 Metoder: Amplificering og basepar tælling PCR reaktioner med 8 forskellige primers LaT05 – 245-306 bp LaT07 – 340-400 bp LaT08 – 166-234 bp LaT13 – 234-262 bp LaT16 – 294-328 bp LaT18 – 286-318 bp LaT24 – 200-230 bp LaT26 – 352-382 bp ABI gel kørsel for basepar tælling

5 Metoder: Basepar tælling Gel billed

6 Metoder: Basepar tælling Lat07 – 340-400 bp

7 Metoder: Faderskabsanalyse Data sæt med genotyper på ca. 150 afkom og deres mødre Sammenlignet med genotyper for mulige fædre i forældreskabsanalyse programmet CERVUS CERVUS: Baseret på sandsynligheden for at en mulig fader er den egentlige ud af mulige fædre (95%, 80%, og mest sandsynlig) LOD score Delta score Confidence

8 Resultater CERVUS-programmet estimerer en fejlrate m.h.t. loci- uoverensstemmelser, der bl.a. skyldes fejlbestemmelser, - ud fra kendte forælder-unge par (KP-O). Hvis data var perfekte, kunne enhver uoverensstemmelse umiddelbart bruges til at afvise en fader-kandidat. - Da dette langt fra er tilfældet, må sandsynlighed frem for udelukkelse bruges som primære metode.

9 Resultater Hvis estimerede fejlrate > 0, vil ingen hanner kunne udelukkes – men mest sandsynlige kan findes. Fædre findes således ud fra størst mulige overensstemmelse fader-afkom – og inddeles i konfidensniveauer I vores data var 143 KP-O mismatches ud af 725 mulige!

10

11

12

13

14

15 Butterfly 1, BU Butterfly 2, BT Clouds, CL Clouds2, CO Columns, CN FirstLadies, FI Flowers, FL Gymnasts, GY Hardwoods, HA Malyalees1, MA Planets, PL Poetics1, PO Poetics2, PE RendileLadies, RE Royals, RO SamburuLadies, SA Sisters, SI Spice Girls, SG Storms 1, ST Storms 2, SO Swahili, SW Virtues, VI Winds 1, WI Winds 2, WN B1004 B1003 B1018 B1016 B1014 B1013 B1012 B1011 B1010 B1009 B1007 B1005 American Indians, AM Artists, AR Artists–Titian, AT BiblicalTerms, BI B1019 B1020 B1021 B1023 B1022 B1026 B1029 B1031 B1032 B1001 B1027 ’88 99,’00 ’89,’01 ’88 ’95 ’95,’02 ’98, ’99 ’97,’96,’01 ’92,’99 ’ ’00 ’90,’96 ’99 ’95,’95 ’93 ’91 Butterfly 1, BU Butterfly 2, BT Clouds, CL Clouds2, CO Columns, CN FirstLadies, FI Flowers, FL Gymnasts, GY Hardwoods, HA Malyalees1, MA Planets, PL Poetics1, PO Poetics2, PE RendileLadies, RE Royals, RO SamburuLadies, SA Sisters, SI Spice Girls, SG Storms 1, ST Storms 2, SO Swahili, SW Virtues, VI Winds 1, WI Winds 2, WN B1004 B1003 B1018 B1016 B1014 B1013 B1012 B1011 B1010 B1009 B1007 B1005 American Indians, AM Artists, AR Artists–Titian, AT BiblicalTerms, BI B1019 B1020 B1021 B1023 B1022 B1026 B1029 B1031 B1032 B1001 B1027 ’88 99,’00 ’89,’01 ’88 ’95 ’95,’02 ’98, ’99 ’97,’96,’01 ’92,’99 ’98 ’00 ’90,’96 ’99 ’95,’95 ’93 ’91

16 Diskussion Adfærd -parringsadfærd (indirekte) -bevægelsesmønstre (hvor store afstande) Ud fra resultaterne kan siges noget om: Genetisk sammensætning af flokke

17 Diskussion Fejlraten – tager ikke højde for mutationer, da alle uoverensstemmelser stemples ’mistyping’. -men undgår derved også udelukkelse af ægte fædre p.g.a. datafejlbehandlinger -flere mikrosatellitter ville være godt! Programmet betinger uafhængig nedarvning af loci