Bio-informatik Søgning efter og karakterisering af mikro RNAer.

Præsentationer af emnet: "Bio-informatik Søgning efter og karakterisering af mikro RNAer."— Præsentationens transcript:

1 Bio-informatik Søgning efter og karakterisering af mikro RNAer

2 Teori om miRNAer Micro (mi)RNA Single stranded Partially complementary to target RNA Unknown mechanism of action Often conserved between species or even across phyla Precursor: Bulged, partially double-stranded RNA Chromosomal (IGR) 70 nucleotides in length About 21-22 nucleotides in lenght

3

4 Database sites Ensembl - indeholder genbank over flere forskellige organismer - lettere at sammenligne sekvenser på tværs af organismer Wormbase - indeholder genbank over C. elegans og C. Briggsae - begrænset mulighed for at sammenligne sekvenser MFOLD - program der simulerer sekundærstruktur i precurser udfra laveste ∆G – vælger den mest stabile struktur

5 Søgeredskaber til sekvensanalyser BLAST - Hurtig heuristisk lokal alignment - Bruges når en stor datamængde skal analyseres Smith Waterman (Water) - langsom eksakt lokal alignment - god når sekvenserne er af forskellig længde og hvis de har uens mængder af insertioner/deletioner Needle - langsom eksakt global alignment - god når sekvenserne er af samme længde

6 Formål At sammenligne kendte miRNA- sekvenser indenfor og mellem forskellige typer af organismer Hvor der findes 100% homologi mellem miRNA-sekvenserne vælges 3 tilfældige til nærmere undersøgelse af konservering i genom-området omkring sekvenserne

7 Ved brug af kendte precursor sekvenser simuleres disses mest sandsynlige strukturer udfra afgørende fysisk-kemiske parametre, der bestemmer strukturen med laveste frie energi. De 3 tidligere valgte miRNA-pars precursor- sekvenser bruges Lave et filter til scanning af nye miRNAer i forskellige organismers sekvenser. I udarbejdelsen af filteret bruges allerede kendte miRNA til kontrol af filterets effektivitet

8 Metode til at finde nye miRNA’er i Arabidopsis Fremstille et filter der kan finde nye miRNA - Modellen laves udfra kendte miRNA’er hvor man kender de mRNA’er der er deres targets - Søger i det maskerede genom med mRNA sekvenserne, der er targets for kendte miRNA - Reducerer udfaldet ved at fylde på med kriterier - Resultat = Sekvens af mulig ny miRNA samt længden af denne - Kvalitetstest af filteret ved at sammenligne med det kendte antal miRNA - Problematik: Sensitivitet/selektivitet