Karen Skriver Biomolekylære Videnskaber, Biologisk Institut

Præsentationer af emnet: "Karen Skriver Biomolekylære Videnskaber, Biologisk Institut"— Præsentationens transcript:

1 Karen Skriver Biomolekylære Videnskaber, Biologisk Institut
Enhedens navn Inspirationsdag 2014 Karen Skriver Biomolekylære Videnskaber, Biologisk Institut

2 Enhedens navn Undervisningsprofil Proteinkemi & enzymologi I, 1. år bachelor, Molekylær Biomedicin Almen Biokemi 2, 2. år bachelor, Biologi Biokemi 3, 2. år bachelor, Biokemi Protein Science, 3. år bachelor, Biokemi, Nanoteknologi, Kemi

3 Hvorfor undervise i enzymer?
Enhedens navn Hvorfor undervise i enzymer? God synergi med mange forskellige faglige discipliner

4 Problemer i forståelse af enzymer
Enhedens navn Problemer i forståelse af enzymer Termodynamikkens og kinetikkens betydning, repræsenteret ved energidiagrammer, for enzymmekanismer Betydningen af ligevægt (termodynamik) og hastighed (kinetik) i Michaelis-Menten modellen Anvendelse af syre-base teori til fortolkning af pH aktivitetsprofiler for enzymer Relatere ændringer i dissociationskonstanter og hæmningskonstanter til vekselvirkninger mellem enzymer og f.eks syntetiske hæmmere som lægemidler. Relatere hyperbolske og sigmoide sammenhænge mellem hastighed og substratkoncentration og mekanismer, herunder allosterisk regulering Forståelse af begrebet assay - herunder forståelse af hvorledes et enzymatisk assay etableres samt betydningen af forskellige parametre og initialhastigheder for et assay

5 Labster Enzyme Kinetics Case
Enhedens navn Labster Enzyme Kinetics Case Apparaturkendskab –I Labster Enzyme Kinetics Case gennemgås opbygningen af et spektrofotometer og teorien bag anvendelse i enzymkinetik i WiKi. Bl.a. skal spilleren vælge den bølgelængde, som benyttes til forsøget, ud fra et præsenteret spektrum. Enzymkinetisk assay – Assay, her i betydningen biokemisk prøvemetode, er et nyt begreb for de fleste studerende, og det kan i sig selv virke blokerende. I Labster Enzyme Kinetics Case begynder den studerende i det virtuelle laboratorium med at lave en stamopløsning, og optimale enzym- og substratkoncentrationer bestemmes ved simuleringer.

6 Animationer og Michaelis-Menten skemaet
Enhedens navn Animationer og Michaelis-Menten skemaet Enzym-substratkompleksdannelse vises vha. animation. Dele af animationen er baseret på virkelige molekylstrukturer, mens andre vises skematisk. Igennem animationerne stilles teoretiske spørgsmål. Der fokuseres fx på forståelse af den centrale Michaelis-Menten model, herunder ligevægten mellem enzym og substrat og det hastighedsbestemmende trin i reaktionen. Her indgår overvejelser om både termodynamikkens og kinetikkens betydning for reaktionsskemaet. Sted og navn

7 Syre-base reaktioner og hæmning
Enhedens navn Syre-base reaktioner og hæmning Bestemmelse og forståelse af enzymkinetiske parametre – Simuleringer benyttes også til at bestemme initialhastigheden for ADH1B*1 og ADH1B*2 ved forskellige substratkoncentrationer. Data opstilles i et regneark, og de kinetiske parametre Vmax og Km bestemmes ud fra Michaelis-Menten afbildningen. Parametrene benyttes også til at forklare forskelle i pH aktivitetsprofiler for ADH1B*1 og ADH1B*2, hvilket kræver kendskab til og forståelse af syre-base reaktioner. Hæmning af ADH –I denne del af Enzyme Case opnår den studerende både indblik i hæmningsmekansimer og øvelse i databehandling.