Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Erfaringer med genomiske avlsværdital Informationsmøde 9. oktober 2012 Ulrik Sander Nielsen.

Præsentationer af emnet: "Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Erfaringer med genomiske avlsværdital Informationsmøde 9. oktober 2012 Ulrik Sander Nielsen."— Præsentationens transcript:

1 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Erfaringer med genomiske avlsværdital Informationsmøde 9. oktober 2012 Ulrik Sander Nielsen og Anders Fogh

2 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Genomisk prædiktion Forskningsprojekt, som løbende er udnyttet i praksis Første genomiske prædiktion for HOL i efterår 2008. Siden løbende udviklet: DRP (deregressed proof) i stedet for avlsværdital Genomisk prediktion for RDC og JER Anvendelse af GBLUP GEBV erstatter DGV GEBV skaleres til avlsværdital skala

3 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Genomisk prædiktion Forskningsprojekt, som løbende er udnyttet i praksis Første genomiske prediktion for HOL i efteråret 2008. Siden løbende udviklet: Eurogenomics og GENO tyre i reference populationen GEBV offentliggøres på kandidater og kvier i maj 2011- siden kun mindre ændringer

4 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Forskellige måder at vurdere effekt af genomisk prædiktion Objektive test: Teste stigningen i sikkerhed ved genomisk prædiktion i forhold til afstamning for seneste årgange af tyre med afkom. Teste om traditionelle avlsværdital og GEBV er udtrykt på samme skala Praktiske resultater: Analyse af tyre, der har fået traditionelle avlsværdital

5 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Objektiv test: stigning i sikkerhed Repetition fra 2011 Med hvor stor sikkerhed prædikterer DGV det reelle avlsmæssige niveau for 4 sidste årgange af afprøvede tyre : DGV på alle testede tyre - udelade 4 yngste årgange afprøvede tyre i reference gruppen (I praksis slette DRP for disse tyre ved beregningen af DGV) Fire sidste årgange afprøvede tyre: Hvor meget forklarer DGV af DRP (= R 2 genom) Hvor meget forklarer afstamningsværdi af DRP (=R 2 afstamning) Sikkerheden på DRP (R 2 DRP) Beregne sikkerhed på DGV (R 2 genom / (R 2 DRP)) Beregne sikkerhed på afstamning (R 2 afstamning /(R 2 DRP)) Differencen er stigningen i sikkerhed.

6 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Sikkerhed HOL ydelse R 2 genom (a)0,51 R 2 afstamning (b)0,21 Sikkerhed DRP (c)0,92 Sikkerhed DGV (a/c)0,55 Sikkerhed afstam (b/c)0,23 Stigning i sik. ved genomisk prædiktion0,32

7 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Sikkerheder for Holstein Genomisk (%)Afstamning (%)Forskel Ydelse552332 Vækst482325 Frugtbarhed471828 Yversundhed451431 Sundhed iøvrigt392019 Krop351124 Lemmer331617 Yver581048 Holdbarhed523319

8 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Sikkerheder for RDC Genomisk (%)Afstamning (%)Forskel Ydelse351124 Vækst43349 Frugtbarhed291217 Yversundhed28919 Sundhed iøvrigt301614 Krop401624 Lemmer311120 Yver342113 Holdbarhed442915

9 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Sikkerheder for Jersey Genomisk (%)Afstamning (%)Forskel Ydelse22 0 Frugtbarhed17 0 Yversundhed371720 Sundhed øvrigt1156 Krop311912 Lemmer15123 Yver19712 Holdbarhed17116

10 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Flere faktorer påvirker prædiktionen Antal tyre i reference gruppen Definition af egenskab på tværs af lande Euro Genomics, Geno Avlsmæssig homogenitet af referencegruppe Sikkerheden på traditionelle avlsværdital Arvbarhed Døtregruppestørrelse

11 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Erfaringer med officielle genomiske avlsværdital for tyre Tyre med GEBV maj 2011 og traditionelle avlsværdital august 2012 Ændringer i traditionel avlsværdivurdering Ændret ydelsesmodel Mindre ændring i vægtning i NTM Ændringer i genomisk prædiktion Heritabiliteter, fra estimerede til NAV Opdatering af standardisering

12 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Traditionelle avlsværdital på grundlag af fænotypiske registreringer Indikator for effektivitet af genomisk prædiktion, men ikke facitliste fordi: Sikkerheden er ikke 100 % på traditionelle EBV Effekten af genomisk prædiktion og traditionel avlsværdivurdering kan opfattes som to uafhængige estimater af den mendelske udspaltning, men med samme afstamningsinformation

13 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Sammenhæng mellem genomisk og trad. NTM Seneste årgange af afprøvede tyre

14 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Stabilitet af NTM Sammenlignning af avlsværdital for tyre, hvis avlsværdital var baseret: Udelukkende på genomisk information i maj 2011 Udelukkende på døtre information i august 2012 I efterfølgende tabeller er tyre grupperet efter deres niveau i maj 2011. For grupperne er vist: Ændring fra 2011 til 2012 Niveau i 2012

15 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Stabilitet af NTM - ændring Holstein avlsværdital fra maj 2011 vs. august 2012 DifNiveau af Avlsværdital fra maj 2011 -8-40481216202428+ <-1016329125431 -10- -51547161817742 -5 - 0161214282013763 0 - 54815122713167 5 - 1082111013477 >10036421

16 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Stabilitet af NTM - ændring RDC avlsværdital fra maj 2011 vs. august 2012 DifNiveau af Avlsværdital fra maj 2011 -8-4048121620 <-10163 -10- -542125721 -5 - 019819171131 0 - 511091814465 5 - 10341713573 >1034910521

17 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Stabilitet af NTM - ændring Jersey avlsværdital fra maj 2011 vs. august 2012 DifNiveau af Avlsværdital fra maj 2011 -40481216 <-10121 -10- -5321 -5 - 04542 0 - 525541 5 - 1034531 >10213

18 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Stabilitet af NTM - niveau Holstein avlsværdital fra maj 2011 vs. august 2012 Niveau Aug. 2012 Niveau af avlsværdital fra maj 2011 -8-40481216202428+ 101232464276472252 11-123159642 13-142410551 15-1615441142 17-18112631 19-202142 21-225113 23-24123 25-2612 27-28 29-30

19 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Stabilitet af NTM - niveau RDC avlsværdital fra maj 2011 vs. august 2012 Niveau Aug. 2012 Niveau af avlsværdital fra maj 2011 -8-4048121620 10829406232173 11-121158211 13-142432 15-16231221 17-181644 19-20322 21-22112 23-2411 25-26 27-28 29-301

20 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Stabilitet af NTM - niveau Jersey avlsværdital fra maj 2011 vs. august 2012 Niveau Aug. 2012 Niveau af avlsværdital fra maj 2011 -40481216 1033161341 11-12111 13-14132 15-161211 17-1822 19-20111 21-221 23-24 25-261 27-28 29-30

21 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Stabilitet for unge tyre afhængig af faders genomiske status Holstein GEBV-protein fra maj 2011 vs. august 2012. Fars status Tyre født i 2010 Maj 2011August 2012 TestetReferenceTestetReference Antal kalve Korr. kalvKorr. far Nej 150,95 Nej Ja 260,94 JaNejJaNej250,90 JaNejJa 1860,870,71 Ja 6980,88

22 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Stabilitet for unge tyre afhængig af faders genomiske status RDC GEBV-protein fra maj 2011 vs. august 2012. Fars status Tyre født i 2010 Maj 2011August 2012 TestsReferenceTestsReference Antal kalve Korr. kalvKorr. far Nej Ja 320,88 JaNejJaNej JaNejJa 8930,850,92

23 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Stabilitet for unge tyre afhængig af faders genomiske status Jersey GEBV-protein fra maj 2011 vs. august 2012 Fars status Tyre født i 2010 Maj 2011August 2012 TestsReferenceTestsReference Antal kalve Korr. kalvKorr. far Nej Ja NejJaNej JaNejJa 270,62 Ja 1910,900,93

24 Nordisk Avlsværdi Vurdering Nordic Cattle Genetic Evaluation Foreløbige erfaringer på grundlag af afkomsprøvede tyre Effektiv fraselektion af ringeste tyre - ungtyrenes værdi bliver nu løftet markant Blandt de selekterede tyre er det vanskeligt at udpege de allerbedste Højeste HOL tyre falder, mens RDC og JER holder niveauet